L'ensemble des étangs compris au sein du site Natura 2000 abritent 7 milieux naturels d'intérêt européen, pour une superficie de 10,92 ha (ils ne représentent donc que 2,4% sur l'ensemble de la zone N2000, cela traduit leur degré de rareté):
• Les eaux stagnantes, oligotrophes à mésotrophes avec végétation des Littoelletea uniflorae et/ou des Isoeto-Nanojuncetea (code 3130).
Cet habitat est constitué de plantes anuelles piionnières sur les rives exondées des étangs. Dans ce milieu, on peut notamment observer les gazons amphibies à Scirpe ovoïde (Eleocharis ovata), les gazons sur substrats sableux à Elatine à 6 étamines (Elatine hexandra) ou les groupements à Marsilée à quatre feuilles. On retrouve cette dernière espèce (rare) sur l'étang de la Racherie (espèce rattachée à la famille des fougères).
• Les eaux oligo-mésotrophes calcaires avec végétation benthique à Chara spp. (code 3140).
Cet habitat correspond à des herbiers enracinées, pionniers eux aussi et situés en pleine eau.
• Les lacs eutrophes naturels avec végétation du Magnopotamion ou de l'Hydrocharition (code 3150).
Il s'agit ici aussi d'herbiers aquatiques à Riccia, Naïade, Potamot crépu ou Utriculaires et des végétations aquatiques eutrophes à lentilles d'eau. Ces herbiers représentent trés peu de surface sur les étangs par rapport aux zones d'eau libre.
• Les landes humides à Erica tetralix (code 4010).
Ce milieu n'a été répertorié que sur étangs (Etang Notre Dame et L'Etang de la fin. On peut l'observer en bordure immédiates des étangs, en mélange avec la Molinie bleue et l'Ajonc nain.
• Les prairies à Molinia sur sols calcaires, tourbeux ou argilo-limoneux (code 6410).
Cette zone de prairie para-tourbeuse a été recensée sur l'Etang de Picuze, en queue de l'étang. D'autres espèces accompage cette molinie comme : les joncs, l'iris des marais, l'hydrocotyle vulgaire, le mouron délicat, le carum verticilé et menthe aquatique.
• Les pelouses maigres de fauche de basse altitude (code 6510).
Cet habitat correspond à une prairie de fauche collinéenne caractérisé par la présence de graminées hautes telles que : la houlque laineuse, les fétuques, le vulpin des prés, ou la flouve odorante. On observe aussi de nombreuses plantes à fleurs au sein de ces prairies : la knautie des champs, le fromental élevé, la centaurée jacée ou la vesce commune.
• Les vieilles chenaies acidiphiles des plaines à Quercus robur (code 9190).
Ce milieu est présent sur les bordures d'étangs de manière éparse. La molinie bleue est présente en sous-bois. On observe les chenes en mélange avec les bouleaux et la bourdaine.
D'autres habitats ne relevant pas de la directive habitat Natura 2000 sont aussi présents sur la zone. On peut notamment voir de nombreux herbiers flottants (à nénuphare jaune ou à renouée amphibie), des jonchaies (à joncs éparse et laiche vésiculeuse), ou des aulnaies et saulaies marécageuses.